宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面取得显著成就。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，还以此传教，其医术高超一见即愈，被赞誉为“长真谭真人”。王重阳的高足马钰亦精通医药，以《马丹阳天星十二穴治杂病歌》闻名。全真七真的之一刘处玄更是将行医与修炼结合，为道教养生理论提供了丰富的实践经验。
邱处机对养生学有独到的见解，他认为有保健之法而无长生之药。他曾应元太祖成吉思汗之召，并阐述了养生的科学性和实用价值，赢得了成吉思汗的尊敬。在东返时，成吉思汗命他掌管天下道教，并免除了道门的差役赋税，这奠定了全真教在元代的大发展基础。
宋代科技发展鼎盛，道教医学也有所创新，在养生学领域出现了一批影响深远的著作，如邱处机的《摄生消息论》，及其他多部书籍。这其中，《三元延寿参赞书》尤为特色鲜明，对于现代人的健康观念具有启示意义。
金元四大家，即刘完素、张从正、李杲、朱震亨，他们提出了新的治疗方法并进行临床应用，对中国传统医学产生了重大影响。北宋时期，道士参与编纂官方医书，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些作品至今仍被视为重要参考文献。此外，还有一些脉学专著，如崔嘉彦撰写的《脉诀》，其创新思想对后世产生了深远影响。
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