宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳不仅擅长医学，还以其高超的医术著称。王重阳的高足马钰也精通医药，尤其擅长针灸，其《马丹阳天星十二穴治杂病歌》对后世产生了深远影响。
全真七真的之一刘处玄创立的随山派强调行医救人，以修“积善之基”为宗旨。邱处机同样精通传统中医学理论，对服用外炼丹药企求长生予以否定，他有一句修道真言，即“有卫生之道，而无长生之药”。邱处机还撰写了《摄生消息论》，阐明养生的科学原理，并被成吉思汗尊敬和提拔。
宋代科技发展鼎盛，道教医学也有许多创新，在养生学领域出现了一批影响深远的著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，金元四大家——刘完素、张从正、李杲、朱震亨——他们的理论与临床实践开创了中国传统医学发展新局面。
北宋时期，道士参与编修官书，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些书籍对后世具有很高价值。在脉学领域，也有如张伯端和崔嘉彦这两位大师，他们对脉象及经络学说进行了新的探索，为中医脉学史上留下了一笔可贵财富。
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