宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳不仅擅长医学，还以其高超的医术著称。王重阳的高足马钰也精通医药，尤其擅长针灸，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。全真七真之一刘处玄创立随山派，也强调医术，以行医救人修“积善之基”。邱处机对全真道的传播和发展功绩最大，他精通中医学理论，对服用外炼丹药企求长生予以否定。他有一修道真言，即“有卫生之道，而无长生之药”，这与成吉思汗的观点相契合，使他赢得了成吉思汗的敬重。在东返时，成吉思汗命他掌管天下道教，并免除道门差役赋税，这奠定了全真教在元代大发展的社会基础。
宋代是我国古代科技发展的鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域出现了一批影响深远的著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，还有飞撰集《三元延寿参赞书》，该书从房中、日常起居、饮食及“滋补有药”“导引有法”“还元有图”等几个方面论述了养生理法，有较强的科学性和实用价值，对道教养生的建立具有重要意义。
金元四大家之一刘完素是一位以火热论自成一家的 道士，他认为降心火、益肾水为主，用寒凉药物清热通利后人称之为寒凉派。张从正深受刘完素影响，其法宗刘守真，用药多寒凉，但临床效果显著。此外，北宋时期，由于太祖诏令，一批学者参与编写官修本草，如《开宝新详定本草》，并由太宗亲自序示；还有其他几部值得一提如寇宗奭所著《本草衍义》，李駉研究《难经》的专书，以及脉学领域中的崔嘉彦创立西原脉学流派。这一切都体现了宋金元时期 道教医家的卓越贡献和对中国传统医学发展产生深远影响。
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