宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面取得显著成就。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，还以此传教，其医术高超一见即愈，被赞誉为“长真谭真人”。王重阳的高足马钰也精通医药，尤其擅长针灸，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。
同为全真七真的刘处玄创立的随山派强调医术，以行医救人的方式修积善之基。刘处玄的弟子崔道演，也是一位精通医疗技艺的人，他致力于修建所谓的积善之基，即通过行医帮助他人而积累福德。
邱处机是全真道七大之一，对道教文化和传统医学都有深入研究。他认为养生不需要依赖外炼丹药，而应通过健康的生活习惯来达到身体健康和精神上的平衡。邱处机曾受元太祖成吉思汗召见，用他的养生理论得到了成吉思汗的尊敬，并被任命掌管天下道教事务。
宋代是中国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域，出现了一批影响深远的养生著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。其中，《三元延寿参赞书》的作者飞（字澄心）提出了从房中、日常起居、饮食到服用药物等方面进行养生的理念，这些都是基于科学原则且实用价值极高。
金元四大家中的刘完素是一位知名的道教医家，他提出的“火热论”对后世产生了重大影响。他主张治疗疾病要降心火益肾水，用寒凉药物清热通利，因此后人称之为“寒凉派”。
北宋时期，朝廷开始参与编写官方医学文献，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些书籍系统地整理了当时已有的医学知识，为后世提供了宝贵资源。此外，还有一些专门针对脉学的问题进行研究，如张伯端所著《八脉经》，崔嘉彦所著《脉诀》，他们对于经络学说及脉象阐述具有重要意义。
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