宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们对方剂、本草、古籍注释等方面有着深刻的贡献，并且在养生理论上进行了创新。全真道创始人王重阳以其高超的医疗技艺著称，其医术之高被道门赞誉。王重阳的高足马钰也精通医药，尤其擅长针灸，而刘处玄则致力于行医救人，建立“积善之基”。邱处机不仅精通传统中医学理论，还对服用外炼丹药长生不老持否定态度，他提倡有卫生之道而无长生之药。在他东返时，被成吉思汗尊为掌管天下道教，并免除道门差役赋税，为全真教在元代的大发展奠定基础。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新，以养生学领域见证。出现了一批影响深远的养生著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，有四大家：刘完素、张从正、李杲和朱震亨，他们的理论与临床实践开创了中国传统医学新局面。
北宋时期，道医参与了医药文献整理与官方医书编修工作，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些都对后世产生了巨大影响。在脉学领域，也有显著建树，如张伯端的《八脉经》和崔嘉彦的《脉诀》，这两部作品都对经络学说及脉象研究产生重大影响。
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