宋金元时期，道教医家在传统医学的发展中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论建设方面都有所创新。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，而且以医术传教取得了显著成效。王重阳的高足马钰也精通医药，尤其擅长针灸，而刘处玄则致力于行医救人，并建立了随山派。
邱处机是全真七真之一，他对道教的传播和发展做出了巨大贡献，同时他也精通中医学理论，对服用外炼丹药企求长生持否定态度。他提出“有卫生之道，而无长生之药”，强调养生的科学性和实用价值。在东返时，成吉思汗命他掌管天下道教，并免除道门差役赋税，这奠定了全真教在元代的大发展基础。
宋代是我国科技发展的鼎盛时期，也是道教医学创新的时候。出现了一批影响深远的养生著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，还有四位名为金元四大家的人物：刘完素、张从正、李杲、朱震亨，他们开创了中国传统医学新的局面。
北宋期间，道士积极参与编修官方医书，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些书籍对后世临床应用具有很高价值。在脉学领域，有南宗张伯端和西原脉学流派祖师崔嘉彦他们对经络学说的研究与创新，为后世留下宝贵遗产。
