宋金元时期，道教医家在传统医学的发展中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论建设等方面都有显著贡献。全真道创始人王重阳不仅擅长医学，更以其高超的医疗技艺赢得了道门赞誉。马钰作为王重阳的高足，以精通针灸而闻名，著作《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。全真七真之一刘处玄创立随山派强调医术与行医救人的修“积善之基”。邱处机对全真道传播与发展做出了巨大贡献，同时他对中医学理论也有深入理解，对服用外炼丹药企求长生的态度持否定意见。他的一句修身真言——“有卫生之道，而无长生之药”，表达了通过健康生活方式达到身体健壮而非依赖于神秘药物来实现永生。
邱处机被成吉思汗所敬重，并赐予掌管天下道教的职责，这为全真教在元代的大发展奠定了基础。此外，他还撰写了《摄生消息论》，结合《素问·四气调神大论》的思想阐述养生的科学原理，强调顺应四季阴阳变化规律，从精神、意志、饮食起居衣着及用药等多方面提出摄生法则和原理。
宋代是中国科技文化鼎盛时期，道教医学也取得了一系列创新。在养生学领域，养生的理论与方法日益完善，其体系逐渐合乎逻辑和科学化产生了一批影响深远的养生文献，如邱处机的《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，还有一些著作如《三元延寿参赞书》、《太上保真养生论》，这些作品对于建立完整的人体健康学说具有重要意义。
金元四大家中的刘完素是一位以“火热论”自成一家的 道教医家，他倡导降心火、益肾水治疗疾病，用寒凉药物清热通利，被后人称为“寒凉派”。同样受他的影响的是张从正，他使用多种寒凉药物治疗疾病，有较高效率。
北宋期间，道士参与编纂官方医书工作，如唐本草校勘增补并编制成《开宝新详定本草》，次年又进行再次校勘命名为《开宝重定本草》；此外还有其他几部值得注意的醫方書籍，比如由寇宗奭著作的二十卷本草衍义，以及李駉研究难经并撰写注解专书黄帝八十一难经纂图句解。
在脉学领域，也出现了一些新的见解，如南宗内丹派祖师张伯端所著脉学专集八脉经，对奇经八脉分布循行路径提出了新的看法。而崔嘉彦则创立西原脉学流派，以其独特观点提出辨证新体系，即以浮沉迟数为纲，并将三部五脏结合起来阐述辨证规律。这一系统因其通俗简明实用，在中医史上占据重要地位。
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