宋金元时期，道教医家在传统医学的发展中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍整理以及养生理论等方面都有着显著的贡献。王重阳以其高超的医疗技能闻名于世，其弟子马钰更是精通医药，并撰写了《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。全真道中的刘处玄也重视医术，以行医救人修“积善之基”。邱处机不仅精通传统中医学理论，还对服用外炼丹药长生不老持否定态度，认为有保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而无使人长生不死的丹药。
邱处机东返后，被成吉思汗命掌管天下道教，并免除道门差役赋税，这奠定了全真教在元代的大发展基础。此外，他还擅长运用医理阐释摄生之道，撰《摄生消息论》，阐明养生的调和应顺应四时阴阳消长盛衰规律，从精神、意志、饮食、起居、衣着、用药等多方面指明了摄生之法和机理。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生的领域，出现了一批影响深远的养生著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》、《三元延寿参赞书》等，其中，《三元延寿参赞书》的科学性和实用价值尤为突出，对道教养生的体系建设具有重要意义。
金元四大家——刘完素、张从正、李杲、三朱震亨——他们提出的理论与临床实践开创了中国传统医学新局面。其中，刘完素强调降心火益肾水，以寒凉药物清热通利，是被后人称为“寒凉派”的代表人物。而张从正则深受其影响。
北宋时期，道士参与了医药文献整理与官方医书编修工作，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些作品系统地整合并增补前人的成果，为后世提供了一系列可靠的参考资料。在脉学领域，也有如张伯端所著《八脉经》的重大贡献，以及崔嘉彦创立西原脉学流派，用简洁易懂的手法阐述脉象辨证规律，使得这一学说广泛流传至今。
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