宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面取得显著成就。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，还以此传教，其医术高超，被赞誉为“一见师真涸疾顿愈”。王重阳的高足马钰也精通医药，以针灸著称，并有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。
全真七真的之一刘处玄创立随山派，对医术尤为重视，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机对全真道的传播和发展贡献巨大，他不仅精通中医学理论，而且强调养生而非追求外炼丹药长生。他与成吉思汗相会时回答：“有卫生之道，而无长生之药”，阐明了保养身体健康的重要性。邱处机还撰写《摄生消息论》，从四气调神、大论中的医学思想出发，阐述了摄生的法则和原理。
宋代是中国科技发展的鼎盛时期，道教医学也有许多创新出现。在养生学领域，养生理论与方法逐渐完善。除了邱处机的《摄生消息论》外，还有刘词集的《混俗颐生录》、曾慥所辑《道枢》、佚名著作如《胎息抱一歌》、《养生》、《太上保真养生论》，及元代飞撰集的《三元延寿参赞书》等。此类文献具有较强科学性和实用价值，对道教养生的体系建立有着重要意义。
金元四大家之一刘完素是一位道教医家，他提出了“火热论”并主张降心火、益肾水治疗疾病。这一观点影响深远，有人称其法宗刘守真，用寒凉药物治疗多效。北宋时期，道士参与编修了官方医书，如《开宝新详定本草》（又名《开宝重定本草_]及太平圣惠方，这些都体现了宋代对于医学事业的大力支持。
在脉学领域，也有一些值得注意的人物，如张伯端他撰写了脉学专著《八脉经》，对奇经八脉进行新的解读；崔嘉彦则提出“四脉为纲”辨脉辨证新体系，这种观点后来被不断充实和发展，并成为中医史上的一个重要里程碑。
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