宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面取得显著成就。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，还以此传教，其医术高超一见即愈，被赞誉为“长真谭真人”。王重阳的高足马钰亦精通医药，以《马丹阳天星十二穴治杂病歌》闻名。全真七真的之一刘处玄更是将行医与修炼结合，为积善之基。
邱处机对全真道的传播和发展贡献巨大，同时他也精通中医学理论，对服用外炼丹药企求长生持否定态度。他有一句修养真言：“有卫生之道，而无长生之药。”邱处机还擅长运用医理阐释摄生，撰写《摄生消息论》，提出顺应四时阴阳消长盛衰的变化规律。
宋代科技发展鼎盛，道教医学也有许多创新，如养生学领域出现了一批影响深远的著作，如《混俗颐生录》、《三元延寿参赞书》等。此外，金元四大家——刘完素、张从正、李杲、朱震亨——开创了中国传统医学发展新局面，其中刘完素提出了“火热论”，强调降心火益肾水，以寒凉药物清热通利。
北宋时期，道士参与编修官修医书如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，临床应用价值很高。在脉学领域，有南宗张伯端和西原脉学流派祖师崔嘉彦的大幅建树。崔嘉彦的《脉诀》独树一帜，将脉象、三部、五脏结合起来阐述脉证规律，建立了“四脉为纲”辨脉辨证新体系。
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