宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳以其高超的医疗技艺闻名于世，其弟子马钰亦精通医药，尤其擅长针灸。全真七真的之一刘处玄也重视医术，并创立随山派，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机对全真道的传播与发展做出了巨大贡献，他不仅精通传统中医学理论，而且认为有保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而无使人长生不死的丹药。他撰写《摄生消息论》，阐明养生的科学依据。
宋代是我国古代科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域，出现了一批影响深远的著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》、《三元延寿参赞书》等。此外，金元四大家——刘完素、张从正、李杲和朱震亨——开创了中国传统医学新局面，其中刘完素以“火热论”自成一家。
北宋时期，道士参与编修了多部官方医书，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些作品系统地整理了药物知识，并为临床应用提供了丰富资源。在脉学领域，也有一些重要贡献，如张伯端的《八脉经》和崔嘉彦的《脉诀》，它们对后世产生了深远影响。崔嘉彦还建立了一套新的脉象辨证方法，即“四脉为纲”，这对于后来的中医教育产生了重大影响。
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