宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳以其卓越的医疗技能闻名于世，他的高超医术被道门诗人赞颂。在王重阳门下，有着一批高足，其中包括全真遇仙派宗师马钰，以精通针灸著称，并撰写了《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。
同为全真七真的刘处玄创建的随山派，也高度重视医术，将之作为修“积善之基”的手段。据《甘水仙源录》，刘处玄弟子崔道演深受其影响，回归后致力于行医，以积善之基济世。他不仅精通医学，还能施展奇效，使得四远无夭折，而贫穷者反多所给。
邱处机作为王重阳七大之一，对全真道的传播和发展贡献巨大，同时他对传统中医学理论也十分精通，不仅拒绝长生药，更强调摄生的重要性。他有一句修养成语：“有卫生之道，而无长生之药”，表明了他的观点，即通过健康生活方式来维持身体健康，而非依赖外炼丹药寻求长生。这一思想深得元太祖成吉思汗赏识，被授予掌管天下道教并免除差役赋税，这奠定了全真教在元代的大发展基础。
宋代是中国科技发展的鼎盛时期， 道教医学也有许多创新，在养生学领域尤为突出。除了邱处机的《摄生消息论》以外，还有宋代茅山处士刘词集的《混俗颐生录》、曾慥辑《道枢》，以及佚名著作如《胎息抱一歌》、《养生》、《太上保真养生论》等。此外，《三元延寿参赞书》的作者飞也是池州九华山人，其作品从房中、日常起居、饮食到“滋补有药”、“导引有法”、“还元有图”等方面阐述了养生的理法，对建立系统化且科学化的地方学理论体系做出了重要贡献。
金元四大家中的刘完素是一位著名的道教医家，他提出了“火热论”，主张降心火益肾水，临床实践多用寒凉药物清热通利，因而被后人称为“寒凉派”。张从正则是受到刘完素影响较大的其中一人，其治疗方法多取效，但同时也继承并发扬了刘完素的一些思想和方法。
北宋时期，道士参与编纂官修医书，如唐新本草校勘增补与撰写，以及太平圣惠方编修工作，该书由宋太宗亲自序命镌板颁布，是临床应用价值极高的一部官方医书。此外还有寇宗奭著《本草衍义》，李駉撰写《难经注解》，史崧辑黄帝内经灵枢集注及刘温舒撰素问入式运气论奥等，都对当时乃至后世医学文献产生过重大影响。
脉学则是针灸与内丹实践中的一个关键领域。在南宗金丹派中，张伯端对奇经八脉分布进行了一系列新的见解，为脉学研究提供了一定的指导。而崔嘉彦则创立西原脉学流派，其独特观点认为必须结合浮沉迟数、三部五脏来辨证，从而形成了一套独有的辨证体系，这对于推动中医疗疗水平提升具有重要意义。
