宋金元时期，道教医家不仅在传统医学的方剂、本草领域有所建树，而且在古籍注释整理、养生理论等方面也表现出卓越的贡献。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗，还以其高超医技著称，道门有诗赞曰：“一见师真涸疾顿愈”。王重阳的高足马钰亦精通医药，以《马丹阳天星十二穴治杂病歌》闻名。同为全真七真的刘处玄，则创立随山派，对于医术尤为重视。
此外，邱处机也是全真七真之一，他对传统中医学理论有深入研究，对服用外炼丹药企求长生予以否定。他有一句修道真言，即“有卫生之道，而无长生之药”，强调了保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而非使人长生的丹药。这一观点极大地赢得了成吉思汗的敬重，并被后世推崇。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域，出现了一批影响深远的养生著作，如邱处机《摄生消息论》、茅山处士刘词集《混俗颐生录》、《道枢》，以及元代飞撰集《三元延寿参赞书》等。此外，还有金元四大家——刘完素、张从正、李杲和朱震亨，他们对中国传统医学发展产生了重大影响。
北宋时期，道医积极参与了医药文献整理与官方医书编修工作，如唐《新修本草》的校勘与增补，以及太宗命编修的大型医方书《太平圣惠方》。在脉学领域，也出现了如张伯端和崔嘉彦这两位重要人物，他们分别提出了新的脉象理解和辨证体系，为中醫學史上的重要 contribution 做出了巨大貢獻。
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