在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在养生理论的建设方面也有所创新。全真道的创始人王重阳，以其高超的医疗技艺闻名遐迩。在古籍中，有诗赞其医术：“一见师真涸疾顿愈”。王重阳之高足马钰，也精通医药，尤以针灸为佳。同样，全真七真的刘处玄，在行医救人的同时，也注重修“积善之基”。
邱处机作为全真七中的重要人物，对道教传播和发展有着巨大的贡献，同时他对传统中医学也非常精通。他有一句修道真言：“有卫生之道，而无长生之药”，表明了通过健康生活方式来保持身体健康，而非依赖长生不老的丹药。这一观点深得元太祖成吉思汗青睐，他还被授予掌管天下道教并免除差役赋税。
宋代是中国科技发展鼎盛时期，道教医学也迎来了新的飞跃。除了邱处机的《摄生消息论》外，还有许多其他著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》等，这些作品都体现了养生的理法与实践相结合。
金元四大家，即刘完素、张从正、李杲、朱震亨，他们对中国传统医学发展产生了重大影响。其中，刘完素是一位以“火热论”自成一家的道教医家，他强调降心火益肾水，并使用多种寒凉药物治疗病症。
北宋时期，随着国家文化和科学水平的提高，一些学者参与编纂和校订官定的本草书籍，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些书籍对于后世临床应用具有极高价值。
此外，在脉学领域，南宗金丹派祖师张伯端对奇经八脉进行了新的阐述，其著作《八脉经》为后世提供了宝贵资料。而崔嘉彦则建立了一套新的脉学体系，即“四脉为纲”，这套体系至今仍受欢迎并广泛应用于中医实践中。
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