在宋金元时期，道教医家不仅精通传统医学，更是积极参与其发展与创新。全真道的创始人王重阳以高超的医疗技艺赢得了人们的尊敬，他的弟子马钰更是擅长针灸，其著作《马丹阳天星十二穴治杂病歌》至今仍被推崇。在全真七真的中，刘处玄创建随山派，也非常注重医术，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机则对养生理论有着独特见解，他认为有保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而没有使人长生不死的丹药。
邱处机还擅长运用医理来阐释摄生之道，其著作《摄生消息论》深受世人的赞赏。在宋代，我国科技发展达到了鼎盛时期，道教医学也迎来了许多创新和进步。除了邱处机的《摄生消息论》，还有其他多部影响深远的养生著作，如刘词集《混俗颐生录》、曾慥所辑《道枢》，以及元代飞撰集的《三元延寿参赞书》等。
金元四大家中的刘完素是一位以“火热论”自成一家的道教医家。他主张降心火、益肾水为主，用寒凉药物清热通利，被后人称为“寒凉派”。北宋时期，道士们积极参与了医药文献整理与官方医书编修工作，如编纂了《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些都对中国传统医学产生了重要影响。
在脉学领域，也出现了一些新的建树，如张伯端提出了新的奇经八脉分布观点，而崔嘉彦建立了“四脉为纲”辨脉辨证新体系，这些都丰富了传统经络学说。此外，还有一些重要文獻如寇宗奭所著《本草衍义》和李駉研究于黄帝内经难经的心得体会等，都对后世产生过深远影响。
