在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在养生理论的建设方面也有所创新。全真道创始人王重阳以其卓越的医疗技能闻名遐迩。他的高足马钰更是精通医药，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。刘处玄创立的随山派也非常重视医学，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机虽然对传统中医学理论有深入理解，但他否定了服用外炼丹药企求长生的观点，认为有保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而没有使人长生不死的丹药。
此外，邱处机还擅长运用医理阐释摄生之道，其著作《摄生消息论》基于《素问·四气调神大论》的医学思想，为指导养生的变化规律提供了科学依据。他与成吉思汗会面时，以“有卫生之道，而无长生之药”的观点获得尊敬，并被任命为掌管天下道教的人物。这奠定了全真教在元代发展中的社会基础。
宋代科技发展鼎盛，同时道教医学也取得了一些创新，如养生学领域出现了一批影响深远的作品。此外，还有一些重要人物，如金元四大家——刘完素、张从正、李杲和朱震亨，他们开创了中国传统医学发展新局面。刘完素以“火热论”自成一家，他强调降心火益肾水，用寒凉药清热通利。
北宋时期，道士积极参与编修官方医书，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些书籍临床应用价值很高。在脉学领域，有南宗祖师张伯端的大型脉学专著《八脉经》，以及崔嘉彦建立的西原脉学流派，他提出了新的脉象三部五脏结合辨证体系，使得中医界产生重大影响。
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