在宋金元时期，道教医家不仅精通传统医学，更是积极参与其发展与创新。全真道的创始人王重阳以高超的医疗技艺赢得了人们的尊敬，他的弟子马钰更是擅长针灸，其著作《马丹阳天星十二穴治杂病歌》至今仍被推崇。在全真七真的中，刘处玄创建随山派，也非常注重医术，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机则以其深厚的医学知识和养生理念，被成吉思汗所敬重，并被授予掌管天下道教的大任。
这段时期，还有其他几位道教医家的理论和实践对中国传统医学产生了重要影响，如刘完素、张从正、李杲、朱震亨等四大家，他们开创了新的医学发展方向。北宋时期，道士们积极参与编纂医药文献，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些工作为后世提供了宝贵资料。此外，寇宗奭撰写的《本草衍义》，以及李駉研究《难经》的专书，对后来的学者有着重要启发。
在脉学领域，有南宗金丹派祖师张伯端提出了新的见解，而崔嘉彦则建立了一套独特的心脏辨证体系，即“四脉为纲”，并且将其阐述得非常简明易懂。这一体系至今仍然被认为是中医脉学史上的一个重要里程碑。
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