在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在古籍注释整理、养生理论等方面也表现出色的创新精神。全真道的创始人王重阳以其卓越的医疗技能赢得了人们的尊敬和赞誉。在医学领域，王重阳的高足马钰更是名声鹊起，他精通针灸之术，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。同样地，全真七真的之一刘处玄也对医术有着深入研究，他创建的随山派强调行医救人，以修“积善之基”为目的。
邱处机作为全真道七大中的一员，对道教传播和发展贡献巨大，同时他对传统中医学理论也有着深刻理解。他反对长生不死药，而主张通过卫生之法来保持身体健康。这一点得到了元太祖成吉思汗的认可，并被授予掌管天下道教以及免除道门差役赋税，这为全真教在元代的大发展奠定了基础。
宋代是我国科技与文化繁荣时期，道教医学也迎来了新的发展。除了邱处机《摄生消息论》的影响外，还有许多其他重要著作，如《混俗颐生录》、《三元延寿参赞书》等。此外，金元四大家——刘完素、张从正、李杲、朱震亨他们开创了中国传统医学新局面，其中刘完素尤其以“火热论”自立门户，其理论对于后世产生重大影响。
北宋时期，道士参与编纂及校勘医药文献工作，最终完成了一部官方医书——《开宝新详定本草》，并且还有其他几部重要医方书如《太平圣惠方》等。此外，还有一些值得一提的宋代医书，如寇宗奭所著《本草衍义》，这是一部关于药物性质详细讨论的大型本草典籍。
至于脉学领域，也有许多突出的贡献，比如南宗内丹派祖师张伯端他不仅写出了脉学专著《八脉经》，而且对奇经八脉分布和循行路径提出新的见解，为传统经络学说增添了丰富内容。而崔嘉彦则建立了一套独特的心血管系统辨证方法，即“四脉为纲”，这一体系后来被广泛接受并不断发展，不断推动中医心血管疾病诊疗技术向前迈进。
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