在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在养生理论的建设方面也有所创新。全真道创始人王重阳以其卓越的医疗技能闻名遐迩。他的高超医术得到了道门诗人的赞扬，称他“一见师真涸疾顿愈”。王重阳通过医学传播教义，对道教产生了深远影响。
同样精通医学的是全真七真的其中之一马钰，他尤其擅长针灸，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。刘处玄也非常重视医术，以行医救人的方式修炼“积善之基”。
邱处机是另一位重要人物，他对全真道的传播和发展贡献巨大，同时也是一个精通中医学理论的人。他强调了摄生之法，而非长生不老药，因此获得了成吉思汗的敬重。在邱处机东归途中，成吉思汗任命他掌管天下所有宗教事务，并免除了宗教界的差役赋税，这为全真教在元代的大发展奠定了基础。
邱处机还撰写了一部关于摄生的书籍，即《摄生消息论》，这本书以《素问·四气调神大论》的医学思想为指导，阐述了养生的原则和方法，从精神、意志、饮食、起居等多个方面出发，为人们提供了一套系统化的养生方案。
宋代是中国古代科技发展的一个高峰时期，在此期间，道教医学也经历了一系列创新。这些创新主要体现在养生学领域，其中一些著作，如《混俗颐生录》、《三元延寿参赞书》等，对后世产生了深远影响。
金元四大家——刘完素、张从正、李杲和朱震亨，他们各自提出了不同的治疗理念，但都对后世产生过重大影响。这四位学者中的首位刘完素是一位信仰着火热论的道士，他主张降心火益肾水，以寒凉药物清热通利，被后人称为“寒凉派”。
北宋时期，许多道士参与到编纂官方医书工作中来，比如他们参考陈藏器所著《本草拾遗》等书，对唐朝编纂的一部重要本草进行校勘和增补，最终完成了一部名叫《开宝新详定本草》的作品。此外，还有一些其他值得注意的宋代医方书籍，如由寇宗奭所著二十卷本《图经衍义》，以及由李駉所撰专注于研究黄帝内经难经的一部专书记载。
此外，在脉学领域，也有不少进展，如南宋时期崔嘉彦建立西原脉学流派，其脉诀体系基于浮沉迟数观察，以及风气冷热主病三个基本要素，将三部（手足太阴少阴）与五脏结合起来辨证。这一体系至今仍被认为具有实用价值，是一种独特而有效的心血管诊断方法。
