孙恩（？～402），东晋五斗米道的领袖人物，字灵秀，其家族世奉五斗米道。祖籍琅琊（今山东胶南县境南），曾在永嘉南渡后成为世族。孙恩的叔父孙泰是永嘉时期的五斗米道首领杜子恭的弟子，并继承了其宗教法术，被人们敬仰。
在东晋隆安二年（398年），王恭之乱爆发，孙泰试图以讨伐王恭为名私自起义，但遭到司马道子的诱杀。孙恩逃往海岛，与数百名信徒聚集，誓言为叔父复仇。在隆安三年，他趁民心浮动之机，从海岛攻克上虞、破会稽，将会稽内史王凝之击败。这一胜利迅速吸引了周边八郡人民响应，“旬日之间，众数十万”，形成庞大的起义军。
随着势力的扩大，孙恩自称“征东将军”，设立官职，并号称其追随者为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但被东晋政府拒绝。在此背景下，全朝戒严，内外交困。最终，在谢琰率军进攻下，他不得不率领二十余万口向钱塘江撤退，最终自沉于临海。
尽管如此，五斗米道信徒仍然认为他成为了水仙，而他的妹夫卢循则继续领导剩余义军，不断挑战统治秩序，最终直至义熙七年（411年）失败。此次起义虽然未能改变历史走向，却也激发了对天、地、水三官信仰的兴趣，并推动了后来的天师道发展。而关于他的著作《孙恩集》虽然已佚失，但作为一个代表人物，他留下的影响深远，为后来的宗教改革和社会变革奠定了一定的基础。
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