在这篇文章中，吕祖自序了他的修炼经历，从儒家学术到道家的修行，他如何被正阳仙翁所引导，放弃功名追求长生。通过对《太上无量度人妙经》和《丹房秘诀》的学习，他开始了炼丹的道路，并且采炼还丹，以逃避生死，达到长生不老。
然而，在世间许多人却误入歧途，不愿意寻求真理，只知恶死，不肯求生；他们不明白玄机，反而产生了种种错误的理解和行为。因此，吕祖特地撰写了《指玄篇》，留在青城石室中，以期后来的君子能遇到此书，并从中汲取智慧。
文章中的每一节，都详细讲述了修仙之道，以及如何正确理解阴阳、水火、药物等概念。其中，还有对当时社会现象的一些批评，如人们执著于凡事，而忽视超脱尘世追求高尚境界的重要性。
总体来说，这篇文章是一次深刻的探索和阐释，对于了解中国古代宗教哲学以及修身养性的思想，有着重要意义。
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