在陕西龙门洞，公元1180年的春天，一位名为丘处机的道人来到了这里。他的衣着简朴，超凡脱俗，这是他改变历史和命运的一天。丘祖师三十二岁时，从磻溪来到龙门山，是金大定二十年。这段时间里，他以苦炼性习儒参道，日夜精进。他深厚的儒学功底与精研道学结合，使他成为后来的成就奠定了扎实基础。
丘祖师有两种可能原因迁居至龙门。一是马丹阳祖师的有意安排；二是因为爱上了龙门洞的胜景佳境愿意留下。在《自亭川回路次望龙门山》诗中写道：“南望龙门一豁开，东迁鹤驭再头回。深知此域因缘重，未许他方道德该。”看出命运安排的一面。而《山居》诗中写“胜境无穷言不尽”，表达对这座大山水增光、草木增辉之好感。
初到龍門時，由於孤獨一人居住，所以要親自去林中取柴，但對於這種辛苦事態，他說：“不怨深山自采樵，山中自有好清标。”雖然采樵辛苦，但穿梭于茫茫林海之中可领略大自然の無限风光，也是一番趣事。後來毕知常來龍門後，這裡並無庙宇和丹房，只能居住在天然石洞中，其環境簡陋是不用說了。但丘祖所奉行的是苦修，不以苦為苦，而把這種苦視為修行的捷徑，他說：“幽居石室仙鄉近，不假環牆世事遥。”
在龍門期間，所居之洞即現在龍門道院中的七真樓後面的石洞，這個地方曾經是當年的丘祖修真炼养之所。在這裡，他進行了一系列實踐活動，如磨性石，每天將一個凹凸不平并不規則的一个石頭從山上滾下去然后再抱上山，這樣反覆地做下去直到達到太極球狀圓形。他還寫了一首詩來記錄，以勉励后學者：
“分明一粒混元珠，
云龕七載見功夫；
凝神定慮勤修習，
悟彻便是龍門路。”
當時的丘祖洞，要想進入此洞並沒有木梯可以出入，因為外面曾有一塊巨大的岩石狀若人的手掌遮護著洞口，被稱作「仙人掌」。現在只剩下後人書寫「仙人掌」三字牌匾悬掛在道院七真樓前。
除了日常生活外，適逢馬丹陽創立「重陽會」，信徒們會不定期帶些甘粮食物送到處機處，因此他的飲食問題得到了解決。此時期他開始更注重內心世界與精神追求而非過度沉迷於文字創作：「著假空贪齐李杜，不假环墙世事遥。」由於生活已經較為安逸，便專注於内心静默与灵魂净化，对诗词创作减少了兴趣。
隨著時間推移，大约是在第五年，当时情况又发生变化，因为処机禪法远播、求師問學的人也渐渐多了起来，上至公卿王妃、下至士庶百姓等，都纷纷前来拜访或求教。当时周围环境变得喧嚣，与最初清静的大隐境界相比已经不同。此时期虽然仍保持着一定程度的心灵宁静，但更多的是为了应对众多拜訪者的请求，以及对于当下的政治经济状况给予指点而显得忙碌。
尽管如此，在这样的环境里处理各种事情的时候，他始终保持着一种淡泊名利的心态，即使被许多达官贵族书信召唤也不动摇，这一点体现出了其高尚的情操和坚定的修行理念。在《月中仙•山居》词中写“侧磬悬钟，无端池边柳色新”，表明了他对自然界的一份敬畏以及对尘世间繁华往昔情怀的一种抒发。
然而，就如同历史上的任何时代一样，这个宁静与祥瑞最终并没有持续下来。大旱瘟疫接连不断地侵袭民众，将整个社会带入困顿与危难之中。在这样的背景下，处机更显得关切民生疾病，用诗文呼吁救赎万灵，为人民祈福保健康。这正反映出他的济世利人的慈悲心胸，以及作为一个真正修士应该拥有的那份责任感与担当力。
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