该经书由撰人不详，早期上清派经典，约出於东晋南朝。其内容主要讲述了存思九宫神君之法，以及太上道君守元丹上的大致相同。
在《上清明堂玄丹眞经》中，有三位首要神君：守寸左绦台青房大神正心、字初方；右黄阙紫房大神平静、字法王。这三位神君形如婴儿，以流金火铃相待，当兆欲卧时或存思时，便先存二大神形色相状，再呼其名字，并微祝曰：“紫户青房，有二大神……”以此方式，可以通利灵关，上登九门，见到九真。
此外，还有三位明堂中的重要人物：左明童眞君玄阳、字少青；中明镜神君名招精、字四明；右明女眞官名微阴、字少元。这些人物形象各异，但共同点是都带着绿锦衣和腰带四赤玉铃。
文中还提到了若道士恐畏可使呜玉铃声闻太极，使口吐玉镜赤光；若饥渴，可呼其名字，让他们口吐赤气灌己口即可满足饥渴等多种情况下的求助方法。
另外，《上清明堂玄丹眞经》还包含了关于长生及遣疾病的修炼方法，如正心安卧后呼唤三人，他们会向外长跪并吐出赤气，用以治疗。此外，还有关于飞仙及五藏自生的修炼法则，以及太一宫寝息饮食和服符五年的过程等内容。
最后，该文提到了太上太极帝君眞符宝章，它被传给金阙帝君，这个符具有立春至冬至每日朱书一符，每次十六日竟服十六符，对于保命长存和变形链髓等效果良好。在文章结尾部分强调了守一之法的重要性，即子能守一，一亦守子，此为达到长生可望的一种修炼途径。
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