孙恩（？～402），东晋五斗米道的高级道士与起义军首领，字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南）。家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一支重要世族。他的叔父孙泰是五斗米道的传人之一，对他有很大影响。在当时，有不少官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊敬孙泰。
在隆安二年（398年），王恭发动叛乱，孙泰以为天命将尽，就以讨伐王恭为名，私下聚集了一些支持者准备起事，但未能成功。随后，他和六子被诱杀。孙恩逃到海岛，与一群同伴数百人一起，在那里誓言为兄长复仇。
在隆安三年，当会稽王世子司马元显下令免除奴隶成为“乐属”，并移送京城充作兵役时，民心更加激愤。孙恩趁机率领部下攻占上虞，并破坏会稽地区，最终杀死了会稽内史以及五斗米道中的徒弟王凝之。这一事件迅速蔓延至八个郡，其信徒数量达到十万以上，他们响应起义，推翻了当地的封建统治。
随着力量增强，孙恩自称“征东将军”，建立自己的政府，并号称其追随者为“长生人”。然而，这也引来了朝廷的重视，以及对整个地区戒严的措施。当谢琰率领重兵来攻击他们时，“妇女有婴累不能去者，将儿投水而去”，这是为了能够先于丈夫或家人进入仙界。
最终，在隆安四年的某个时候，由于给养短缺和疾病流行，一半以上的人死亡。而在元兴元年（402）的三月份，当临海战役失利之后，孟昶选择自沉海中，而他的追随者则认为他已经成为了水仙，从而导致更多的人也跳入水中从此消失。此后，其余成员继续由卢循领导，他们一度取得胜利，但最终在义熙七年（411）失败了。
作为一个信仰长生久视及天地水三官的人物，同时特别崇拜水仙的身份，加上组织起义打击了晋室，使得这个事件对朝代产生了深远影响，也促使到了冠谦之、陆修静等人的改革，以及南北天师道出现。这位传奇人物留下的著作《孟昶集》曾经有五卷版本，但现已佚失。
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