孙恩（？～402），东晋五斗米道的重要人物和起义军领袖，以字称灵秀，祖籍在今山东胶南县境内。他的家族自古便是五斗米道的信徒之一。在永嘉之乱后，他的家族随着其他世族一起南下到达了当时的江南地区。
孙恩的叔父孙泰受到了杜子恭所传授的五斗米道法术，并且在众人中获得了很高的地位。他还得到了一些有影响力的官员如孔道、桓放之、周勰等人的尊敬和支持。
然而，在王恭之乱爆发的时候，尽管他打算以讨伐王恭为名私下聚集一批人马准备起义，但最终还是遭到了司马道子的诱杀。幸运的是，孙恩得以逃入海岛，并在那里收拢了一批同样渴望复仇的人们。
随后，他趁着民心浮动的情况，率领他的部队攻占上虞并成功地推翻了会稽内史王凝之。当这个消息传开后，“旬日之间”，他就拥有一百多万名追随者。这场起义迅速扩散到八个郡，使得整个地区陷入混乱状态。
为了表达对这次起义的情感，一些妇女甚至带着孩子投水自尽，以此来表明他们将跟随死去的人士前往仙界。而就在这个时候，谢琰率领的一支重兵部队被派去镇压这场叛乱，最终成功击败了许多反抗领导者，其中包括许允之。
虽然这一系列战役让很多人死亡，而且给予了反抗运动一个沉重打击，但最终仍旧没有能够完全平息这股不满情绪。直到元兴元年（402）三月，当卢循成为新的领导者并继续战斗时，最后一次大规模叛乱才逐渐平息下来，而孙恩则选择以一种神秘而宁静的手段结束自己的生命，被认为成为了“水仙”。
尽管如此，这场由五斗米道信仰驱动的大规模叛乱，对于晚期东晋以及早期隋朝期间宗教活动和社会结构都产生了深远影响。这场历史上的重大事件也促使一些学者，如冠谦之、陆修静，他们对此进行研究并提出改革建议，从而引发了南北天师道的出现。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》的存在，不过现在已经遗失不见。
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