孙恩（？～402），东晋五斗米道的重要人物和起义军领袖，以字称灵秀，祖籍在今山东胶南县境内。他的家族自古便是五斗米道的信徒之一，在永嘉之乱后随着大批南渡者来到东晋。
孙恩的叔父孙泰，是受杜子恭为师，并继承其道法，被世人所敬重。在东晋时期，他与黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都有交往。然而，当王恭发动叛乱时，孙泰认为是天命将至，便以讨伐王恭为名私下聚集了数千名弟子准备起事，但最终被司马道子父子的诡计所杀。
此后，孙恩逃入海岛，与少数信徒相聚，誓言为叔父复仇。当会稽王世子司马元显征调民众充当兵役时，孙恩趁机率军攻占上虞，并破会稽，将会稽内史及五斗米道徒王凝之斩杀。他利用民心涣散的情形迅速扩展势力，最终控制了八个郡，使得“旬日之间，众数十万”。
作为首领，孙恩自称“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。他向朝廷提出了诛除会稽王及元显父子的要求，但这引发了更多反抗呼声，同时也加剧了朝廷对外部威胁的担忧。面对这样的局势，一位名叫谢琰的大臣被派遣率领重兵讨伐。
经过一系列战斗，最终于隆安四年十二月，由于内部问题和疾病流行，加上政府增强防御能力和给养困难，“死者大半”。最终，在元兴元年三月的一次战役中失利之后，不顾一切地投海自尽，而他的信徒们则认为他已经成为了水仙，从而推翻他身后的百余人跳水自尽。这场由五斗米道信仰激发的人民起义不仅动摇了晋室，也促进了一系列宗教变革，如冠谦之、陆修静等人的改革，以及南北天师道的出现。而关于他的著作《孙恩集》虽然已佚失，但其影响深远。
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