孙恩（？～402），东晋五斗米道的重要人物，字灵秀。他的家族世代信奉五斗米道，是永嘉南渡后的一支世族。他之叔父孙泰是五斗米道的高级修行者，受人尊敬。在东晋时期，他与其他官员如孔道、桓放之、周勰等保持着良好的关系。
然而，在王恭起义爆发后，孙泰被诱杀，其子孙恩逃到海岛，并在那里聚集了一批追随者，以复仇为名。隆安三年（398年），他率领这群徒众攻占上虞，并成功地推翻了会稽内史和五斗米道的头目王凝之。这一胜利激起了民众的响应，“旬日之间”，他得到了数十万人的支持。
随后，孙恩建立了自己的政权，在会稽地区自称“征东将军”，并设立了一系列官职。他还号称自己所领导的人们为“长生人”，并声称自己将要进入仙境。在此期间，他也向东晋朝廷提出诛杀会稽王道子和元显父子的请求，但未得到回应。
为了镇压这一叛乱，东晋政府派遣谢琰率领大军对抗。经过一系列战斗，最终导致了义军的大败。不久之后，孙恩在失败中自尽，被他的信徒视为成为了水仙。而他的遗孀卢循则继续领导剩余的义军，最终在411年被捕并处死，这标志着这场起义最终平息。
关于孙恩本身，他深信五斗米道中的长生久视之法，以及天、地、水三官的神圣性。他通过组织起义，不仅动摇了当时的封建统治，也促进了南北朝时期对天师道教思想改革的一些探索。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已失传。
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