孙恩（？～402），东晋五斗米道的重要人物和起义军领袖，以字称灵秀，出生于琅琊（今山东省胶南县境内），家世奉行五斗米道，是永嘉南渡时期的一位有影响力的家族成员。他的叔父孙泰，曾是杜子恭的弟子，在杜子恭去世后，继承了其法术，被人尊敬。东晋期间，有许多官员如孔道、桓放之、周勰等都崇尚孙泰。
当王恭发动叛乱时，孙泰计划起兵反抗，但在司马道子的诱骗下被捕并杀害。孙恩逃到海岛，与数百名信徒一起寻求复仇。在会稽王世子司马元显免奴为客人，并将他们迁往京师充当兵役之后，民心开始动摇。孙恩趁机率领部队攻占上虞，并成功地击败了会稽内史和五斗米道的另一个领导者王凝之。此举激发了八个郡的人们响应，使得“旬日之间”聚集了十万多人。
随着势力扩大，孙恩自称征东将军，在会稽建立自己的政权，并设立官职。他以长生人的名称命名自己的追随者，还向朝廷提出了处死会稽王和元显父子的请求。这场起义引发了全城戒严，而政府派遣谢琰率领重兵对抗他，最终击败了一些头目，如许允之。
尽管如此，这场战争持续到了隆安四年至五年间，当时两方不断交战。一段时间后，由于给养短缺及疫病流行，“死者大半”，导致运动失去了动力。在这之后，一些余党推举卢循为新的领导人，他继续战斗直到义熙七年（411）失败结束。
作为一位信仰天、地、水三官与长生久视之道的人物，孙恩通过组织起义，不仅挑战了东晋封建统治，也促进了冠谦之、陆修静等北方高级神仙士族对道教改革，以及南北天师道的兴起。而《隋书·经籍志》中记载有关于他的著作《孟庄先生文集》，共计五卷，但已不存。
