孙恩（？～402）是东晋五斗米道的高僧与起义军首领，字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境内），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一族。他的叔父孙泰曾受吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，并继承了杜子恭的法术，被人们尊敬和信仰。
在东晋隆安二年（398年），王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起事，但未能成功，他及其六子被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与一百余名信徒一起决心复仇。
随着民心的骚动和朝廷对免奴客人的政策变化，孙恩趁机率众攻克上虞、破会稽，将会稽内史及五斗米道徒王凝之击败。八个郡的人们纷纷响应，一时间“旬日之间众数十万”，形成了占据八郡的强大力量。
自称征东将军，设立官职并号称长生人，上书要求诛杀会稽王道子和元显父子。这次起义引发了畿内诸县盗贼蜂起，以及建康地区潜伏者的担忧，加剧了社会紧张局势。在此背景下，谢琰率重兵讨伐孙恩，而浙东八郡的起义军汇聚于会稽，“妇女有婴累不能去者”也投入到战斗中。
经过一系列战役，最终在隆安四至五年间，由于给养困难、疫病流行以及防御加强等原因，一度逼近建康但最终失败。402年三月，在临海失利后，不甘心失败的孙恩选择自沉海中，以其信仰中的水仙形象而死，其弟子的多达百余人跟随他赴死。而卢循则继续领导残存士兵，最终在411年的义熙七年时被平定。此事件不仅影响到了当时社会秩序，也促进了北方天师道与南方教派之间权力争夺，为后来的宗教变革埋下种子。而《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》，但已散佚无存。
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