孙恩（？～402），东晋时期五斗米道的杰出人物和起义军领袖，字灵秀。他的家族源自琅琊（今山东胶南县境南），在永嘉南渡后成为世族。孙恩的叔父孙泰，是五斗米道的得力传人，他继承了杜子恭的法术，被人们敬重。
东晋期间，黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊崇孙泰。在王恭之乱爆发时，孙泰计划起兵讨伐，但被司马道子父子诱杀，他的一家六口也遭遇悲剧性命运。幸存的孙恩逃到海岛，与数百名信徒聚集，并誓死复仇。
当会稽王世子司马元显发布免奴令以安抚民心时，孙恩趁机率军攻克上虞并破会稽，将会稽内史王凝之斩杀。这一胜利迅速激发了八郡人民响应，使得“旬日之中，众数十万”加入起义军。随着势力的扩张，孔回称自己为征东将军，并建立了一套官职体系，其追随者被称作长生人。他向朝廷提出处罚会稽王道子及其父子的要求，但未果。
面对谢琰率领的重兵讨伐，孔回退至海岛，而后再次撤退至钱塘江边。当谢琰部队准备过江时，孟率男女二十余万人撤退，最终因给养短缺、疫病流行及政府加强防御而失败，在元兴元年三月投水自尽，其信徒则认为他成为了水仙，从而有百余人跟随其去世。
卢循接任领导继续战斗，最终占据广州并进行北伐直至义熙七年失败。此前，由于信仰长生久视之道以及天地水三官，对水仙抱有极高信仰，这场由五斗米道组织起来的大规模起义不仅动摇了晋室封建统治，也促进了陆修静等对天师道改革，以及南北天师 道出现。在《隋书·经籍志》中记载有《孙恩集》五卷，但已失传。
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