孙恩（？～402），东晋五斗米道的传奇使者，字灵秀，其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰，奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
东晋隆安二年（398），爆发王恭之乱，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人准备起事，但未能成行，被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛，与百余名信徒立志为孙泰复仇。
隆安三年，他趁民心骚动之际，以会稽八郡人民群起响应，“旬日之中，众数十万”，占领了会稽八郡，并自称“征东将军”，置立官职，将徒众号称“长生人”。他上表请诛会稽王道子和元显父子，但被拒绝。
随后，他与谢琰率重兵的东晋官军发生冲突，最终在隆安四至五年间，因给养困难和疫病流行，“死者大半”，失去了主力。他进攻临海失败后，即赴海自沉，被五斗米道信徒认为已成“水仙”。
义军余众推卢循为领袖继续战斗，一度占领广州并北伐，但最终在义熙七年（411）失败。在这场起义中，孙恩以五斗米道组织动摇了晋室的封建统治，也促成了南北朝时期对天师道的兴衍。《隋书·经籍志》著录有《孙恩集》五卷，但已佚失。
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