宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面都有显著贡献，并对养生理论进行了创新。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技艺，还以此传教，其医术高超一见而愈的效率令人赞叹。王重阳的弟子马钰同样精通医药，尤其擅长针灸，有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》这部著作。
全真七真的之一刘处玄创建的随山派也非常重视医术，以行医救人的方式修“积善之基”。据《甘水仙源录》，刘处玄门下有一名道士崔道演，他不但精通医术，而且在韦家墅下开设了一所医院，帮助四周居民免受疾病困扰。
邱处机是全真七真的其中一人，对道教文化和传统医学都有深入研究。他认为养生之法远比寻找长生丹药更为重要。在邱处机与元太祖成吉思汗会面时，他明确表示：“有卫生之道，而无长生之药”，意即通过良好的生活习惯和饮食来保持健康，而非依赖于长生不老的魔法。由于这一观点，被成吉思汗高度评价并授予他掌管天下道教及免除差役赋税的诏命，这极大地促进了全真教在元代的大发展。
宋代是中国科技发展的一个高峰期，在这期间，道教医学也有许多新的发现和发展，如养生的理论体系日趋完善，并且出现了一批影响深远的养生书籍，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，由飞撰写的《三元延寿参赞书》则是一本具有较强科学性和实用性的专着，它阐述了从房中到日常起居、饮食，以及服用药物、导引功夫等多个方面的事项，为后世留下宝贵遗产。
金元四大家中的第一位是刘完素，他是一位知名的道教醫家，以“火热论”自成一格。他的治疗方法主要基于降心火、益肾水原则，用寒凉药物清热通利，对后世产生了重大影响。张从正作为他的学生，也受到过很大的影响，因此他的治疗方法很多时候也倾向于使用寒凉药物。
北宋时期， 道士们积极参与编修官方医书工作，如编纂《开宝新详定本草》（又称《开宝重定本草》）与《太平圣惠方》，这些作品对于当时乃至整个中国传统医学界都产生了巨大影响。此外，还有一些值得注意的地图学专著如寇宗奭所著《本草衍义》的二十卷版本，以及李駉所撰关于难经注解的一系列作品，都被收入到了明代后的文献收集中，比如黄帝八十一难经纂图句解七卷等。这体现出宋朝对古典文献整理工作上的严谨态度和承载前沿科学知识精神意义。
脉学也是一个重要领域，其中包括针灸、内丹等理论基础，是许多达观者追求永恒生命状态的一种途径。在这个过程中，对奇经八脉分布及其循行路径提出新的见解的人包括张伯端（南宗金丹派），以及崔嘉彦（西原脉学流派）。崔嘉彦提出了新的辨证规律，将脉象、三部、五脏结合起来建立“四脉为纲”的新体系，使得这一理论更加系统化，同时易于理解记忆。他对西原流派留下的遗产不断充实并推广，使得它成为中国中医史上不可忽视的一部分。
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