宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳不仅擅长医学，而且以医术传教效果显著，被道门赞誉为“一见师真涸疾顿愈”。王重阳的高足马钰也精通医药，以《马丹阳天星十二穴治杂病歌》闻名。全真七真的之一刘处玄创立随山派强调行医救人修“积善之基”。
王重阳的弟子邱处机对全真道的传播和发展贡献巨大，也精通中医学理论，对服用外炼丹药企求长生予以否定。他有一句修道真言：“有卫生之道，而无长生之药。”邱处机对养生的阐述符合医理，赢得了成吉思汗的敬重，并被授予掌管天下道教和免除差役赋税。
宋代是中国科技发展鼎盛时期， 道教医学也有许多创新。在养生学领域出现了一批影响深远的著作，如邱处机的《摄生消息论》、茅山处士刘词集的《混俗颐生录》等。此外，还有元代飞撰集的《三元延寿参赞书》，其中最具特色和代表性的是飞撰集。
金元四大家——刘完素、张从正、李杲、朱震亨，其理论与临床实践开创了中国传统医学新局面。其中，刘完素以“火热论”自成一家，他认为治病要降心火益肾水，用寒凉药多清热通利，因此后人称他为“寒凉派”。
北宋时期，道士参与了官方医书编修工作，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》等，这些作品系统地介绍了理法方药体系，对临床应用价值很高。
在脉学领域，有南宗金丹派祖师张伯端提出了新的见解，以及崔嘉彦建立了四脉为纲辨脉辨证新体系。这一脉学流派因其祖师隐于庐山西原而称西原脉学，在中医史上占据重要位置。
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