宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究以及古籍注释整理等方面取得显著成就。全真道创始人王重阳不仅擅长医疗技术，还以此传教，其医术高超一见即愈，被赞誉为“长真谭真人”。王重阳的高足马钰亦精通医药，尤其擅长针灸，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。
同为全真七真的刘处玄创立的随山派强调医术，以行医救人的方式修积善之基。刘处玄弟子崔道演也是一位精通医学的人，他通过假装行医来修建所谓的积善之基，为四远无夭折而被人们景仰。
邱处机是全真道七大之一，对于养生理论也有独到的见解，他认为有卫生之道，而无长生之药。他对养生的阐述符合医学原则，因此赢得了成吉思汗的敬重，并被授予掌管天下道教和免除差役赋税的职责。这奠定了全真教在元代的大发展基础。此外，邱处机还撰写了《摄生消息论》，从精神、意志、饮食、起居、衣着、用药等多方面阐明摄生的法则和机理。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域，有了一批影响深远的著作，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》、《三元延寿参赞书》等。其中，《三元延寿参赞书》的作者飞特别强调了房中、日常起居、饮食和服用外炼丹药等方面的问题，这本书具有较强科学性和实用价值，对当时的养生学体系产生了重要影响。
金元四大家中的刘完素是一位代表性的道教医家，他提出了“火热论”，主张降心火益肾水，以寒凉药物治疗疾病。他的思想对后世产生了一定的影响。而张从正则深受刘完素影响，在临床上多使用寒凉药物，也取得了一定的效果。
北宋时期， 道士参与编纂官方医书，如《开宝新详定本草》与《太平圣惠方》，这些作品系统地整理并补充了唐代的经典，并且得到皇帝亲自序言并颁布使用，这些都体现出宋朝对于传统医学的一致关注与推崇。此外还有其他几部值得一提的地 方书，如《本草衍义》、《难经注解》及相关脉学专著，都对后世中国传统医学产生过重大影响。
至南宋时代出现西原脉学流派，由崔嘉彦创建，该流派以其独特观点，将脉象、三部五脏相结合，从而建立了一套新的辨证方法，即“四脉为纲”辨脉辨证体系。该体系因其简明易懂而广受欢迎，并在后世不断加以发展成为中国中医疗法的一个重要组成部分。
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