宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳不仅擅长医学，还以医术传教而著称。他的高足马钰更是精通针灸，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。全真七真之一刘处玄的随山派也非常重视医术，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机对全真道的传播和发展功绩最大，同时他也是一位精通中医学理论的人，对服用外炼丹药企求长生予以否定。
邱处机的一句修道真言，即“有卫生之道，而无长生之药”，意指有保养身体健康及预防疾病的摄生之法，而没有使人长生不死的丹药。他对养生的阐释极为符合医理，因此赢得了成吉思汗的敬重。在东返时，成吉思汗命他掌管天下道教，并免除道门差役赋税，这奠定了全真教在元代大发展的社会基础。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，道教医学也有许多创新。在养生学领域出现了一批影响深远的著作，如《摄生消息论》、《混俗颐生录》、《泰定养主论》等。此外，还有一些名家如飞撰集《三元延寿参赞书》，王珪编撰《泰定养主论》，这些都对建立系统化、科学化的地方medicine理论体系做出了贡献。
金元四大家中的刘完素是一位 道士，他提出了“火热论”的医学思想，强调降心火、益肾水为主，用寒凉药物治疗疾病。这一观点后来被称为“寒凉派”。同样受到其影响的是张从正，他使用多种寒凉药物治疗疾病，有很高效率。
北宋期间，道士参与了医药文献整理与官方医书编修工作，如《开宝新详本草》和《太平圣惠方》的编纂。此外还有其他几部值得一提的经典作品，如寇宗奭著《本草衍义》，李駉研究《难经》的专书，以及史崧辑和刘温舒撰写的心血篇章等，都被收入明代 《正统道藏》中。
宋元时期，在脉学领域也有重大发现，比如张伯端提出奇经八脉分布路径新见解，其学生崔嘉彦则创立西原脉学流派，以浮沉迟数为宗，将脉象、三部、五脏结合起来辨证规律，从而建立了新的脉学体系。
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