在宋金元时期，道教医家不仅在方剂、本草研究上取得了显著成就，而且在养生理论的建设方面也有所创新。全真道创始人王重阳以其卓越的医疗技能闻名遐迩。他的高足马钰更是精通医药，并著有《马丹阳天星十二穴治杂病歌》。刘处玄创立的随山派也非常重视医学，以行医救人的方式修“积善之基”。邱处机虽然对传统中医学理论有深刻理解，但他否定了服用外炼丹药企求长生的观点，只认可保养身体健康及预防疾病的摄生之法。
邱处机对养生的阐释符合医理，因此赢得了成吉思汗的尊敬。在东返途中，成吉思汗命他掌管天下道教，并免除了道门差役赋税，这为全真教在元代的大发展奠定了基础。此外，邱处机撰写了《摄生消息论》，以古籍中的医学思想为指导，阐明养生应顺应四季阴阳消长盛衰变化规律，从精神、意志、饮食、起居等多个方面指出了摄生之法和机理。
宋代是我国科技发展鼎盛时期，对于道教医学产生了一系列创新和影响力强大的作品，如《混俗颐生录》、《泰定养主论》、《三元延寿参赞书》等。这其中，《三元延寿参赞书》的作者飞尤其突出，他从房中、日常起居、饮食及“滋补有药”、“导引有法”、“还元有图”等几个方面详述了养生的理法，有较强科学性和实用价值，对建立道教养生学体系具有重要意义。
金元四大家之一的刘完素是一位道教医家，以“火热论”的医学思想自成一家。他强调治疗疾病主要降心火益肾水，用药多以寒凉药物清热通利，被后人称作“寒凉派”。张从正则深受刘完素影响，其使用方法也多依赖于寒凉药物而有效果。
北宋时期，道士积极参与编纂官方医书工作，如《开宝新详定本草》、《太平圣惠方》，这些都体现了当时对于传统医学文献整理与完善的心态。此外，还有一些值得一提的地方书如《本草衍义》、《难经注解》，它们不仅记录了一定的知识，也反映出当时学习与研究传统文化的态度。
脉学作为针灸与内丹研究中的重要组成部分，在宋金元时代也有所建树。张伯端推崇奇经八脉并提出新的见解，而崔嘉彦则建立了一套独特的脉学体系，即“四脉为纲”，将浮沉迟数结合风气冷热来辨证疾病，其著作《脉诀》至今仍被看作是中醫學史上的里程碑之一。
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