孙恩（？～402），东晋五斗米道的重要人物，起义军首领，以字称灵秀。他的家族世代崇奉五斗米道，是永嘉南渡后的一位有名望的世族。他与叔父孙泰都师承于杜子恭，这位杜子恭在五斗米道中享有极高的地位，许多官员如孔道、桓放之、周勰等都尊敬他。
当王恭之乱爆发时，孙泰认为是天命将尽，便以讨伐王恭为名私下聚集了数千人准备起义，但在未能行动前就被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛上，与少量信徒共同寻求复仇。在此期间，他见到了民心不稳定的机会，并且趁着免奴政策引发的民众动荡，用一百多名信徒攻占了上虞和会稽，一举打败了会稽内史和五斗米道中的王凝之。这场起义迅速扩散，“旬日之间”便得到了十几万人的响应。
随着力量的增强，孙恩建立了一套官职体系，将自己称作“征东将军”，并号称其追随者为“长生人”。他向朝廷提出处决会稽王和元显父子的要求。但是，由于内部动荡和外界威胁，东晋政府加强了防御措施，最终派出谢琰率领重兵进行镇压。在这场冲突中，有女性为了避免被俘而带着婴儿投入江水，而告别亲人说：“祝你早点先登仙堂，我后面跟上。”
最终，在隆安四年至元兴初年的战斗中，尽管有一些胜利，如攻破广陵，但由于给养不足、疫病流行以及对抗不断加强的官方力量，最终导致起义失败。据传，当孙恩进攻临海失败后，他选择自沉海底，被其信徒视为成为了“水仙”。这个故事激励了一部分追随者继续战斗，其中卢循成为新的领导人，他们虽然一度取得一些成就，但最终仍然遭遇失败。
作为一个坚定信仰者，孙恩相信长生久视之术，以及地、天、水三神祗。他通过组织五斗米道来推动起义，这不仅影响了当时封建统治，也促使冠谦之、陆修静等宗教改革家提出了改良方案，同时也催生了南北朝时期各地天师 道派的兴盛。不过，《隋书·经籍志》记载的心理素材《孙恩集》已经失传。
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