孙恩（？～402），东晋五斗米道的高人，字灵秀。其家族世奉五斗米道，是永嘉南渡时期的世族。孙恩之叔父孙泰，曾受杜子恭为师，并继承了他的道法，被人们敬信。在东晋时期，许多官员，如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等，都尊敬和礼遇孙泰。
然而，当王恭起兵反叛后，孙泰被迫以讨伐王恭为名私下聚集徒众准备起义，但最终因司马道子父子的诡计而遭到伏击和杀害。孙恩逃至海岛，与数百名信徒一起誓言为叔父复仇。在这一系列动荡的背景下，他趁机发动起义，在会稽郡建立了自己的政权，并自称“征东将军”，成立了一套官职制度，将自己的一群追随者称作“长生人”。
随着时间的推移，东晋政府派遣谢琰率领重兵对抗孙恩及其部队，而后者则不断转移和撤退，最终在隆安四年底选择自沉于海中，以此来证明自己已达到神仙境界。此举激励了他的信徒们，他们相信他已经成为了水仙，从而投入水中死亡的人数超过一百多人。
尽管如此，这场起义并没有立即结束，其余的追随者继续由卢循领导，最终占据广州并进行北伐，一直持续到411年才最终失败。作为五斗米道的一个重要人物，孙恩不仅推翻了当时社会秩序，也引发了一系列对道教改革和南北朝天师道出现的影响。而关于他的著作《孙恩集》虽然有记载，但现已散失无存。
