宋金元时期，道教医家在传统医学建设中发挥了重要作用，他们在方剂、本草研究、古籍注释整理以及养生理论创新等方面都有所建树。全真道创始人王重阳以其高超的医疗技艺闻名于世，其弟子马钰更是精通针灸之术。全真七真的之一刘处玄则致力于医药救人，并创立随山派强调医术的重要性。在这段历史背景下，诸子百家智慧得到了反复融合与发展。
王重阳的高足邱处机不仅擅长医药，还对养生学有深入研究，他著有《摄生消息论》，阐明了顺应四时阴阳消长盛衰变化规律的摄生之法。此外，邱处机还曾被元太祖成吉思汗召见，以其对养生的看法赢得了成吉思汗的敬重，并被委以掌管天下道教和免除道门差役赋税的职责。
宋代科技发展鼎盛，同时道教医学也取得了一系列创新，其中包括养生学领域理论与方法完善和体系科学化。出现了一批影响深远的养生著作，如《混俗颐生录》、《三元延寿参赞书》等。这其中，《三元延寿参赞书》的作者飞提出了从房中、日常起居、饮食及“滋补有药”“导引有法”“还元有图”等方面论述养生的理法，对中国传统医学发展产生了重要影响。
金元四大家——刘完素、张从正、李杲和朱震亨——他们的事迹与理论主张开启了中国传统医学新局面。其中，刘完素以“火热论”自成一家，而张从正则深受他的影响。他倡导用寒凉药物治疗疾病，这种方法后来被称为“寒凉派”。
北宋时期，道士参与编修官方医书，如《开宝新详定本草》和《太平圣惠方》，这些作品体现了当时科研水平和临床应用价值。此外，还有一些值得注意的地 方书如《本草衍义》、《难经注解》等，它们对于后世研究具有重要意义。
最后，在脉学领域，南宗金丹派祖师张伯端著作《八脉经》为脉学奠定基础，而崔嘉彦则建立了西原脉学流派，以其独特见解成为中医脉学史上的一个里程碑。
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