孙恩（？～402），东晋五斗米道的传奇使者，字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰（字敬远）奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰继传杜子恭道法，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
东晋隆安二年（398），爆发王恭之乱，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人，准备起事。事未发，司马道子父子诱斩了孙泰及其六子。孙恩逃入海岛，与同样遭遇苦难的百余名信徒相聚，他们立志为孙泰复仇。
隆安三年，当会稽王世子、扬州刺史司马元显发动“乐属”政策时，即免奴从军充兵役之举，让民心更加不满。在这种背景下，孙恩趁机率领海岛上的部队攻克上虞，并乘胜破会稽杀害内史及五斗米道徒王凝之。这一行动迅速激起了八郡人民的响应，“旬日之间”，有十万多人加入起义军。
随着力量的增强和影响力的扩大，不仅占据了会稽八郡，还自称“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。他向朝廷提出诛杀会稽王和元显父子的要求，但遭到了拒绝。当时畿内诸县中的盗贼频繁活动，而他的支持者也潜伏在建康城中，这引起了极大的恐慌，因此整个国家都处于戒严状态。
为了平息这场动荡，一方派出谢琰率重兵前往讨伐另一方则汇集在会稽地区。而当谢琰率军进攻义兴并击败许允之后，便继续前进至乌程。但是，在面对官方压力以及给养供应困难的情况下，加上疫病流行导致大量人员死亡，最终导致起义失败。不久后，他在临海的一次战役中自沉身亡，被他的信仰者视作已成“水仙”。
尽管如此，他所领导的五斗米道仍然具有巨大的影响力，不仅动摇了封建统治，也促成了冠谦之、陆修静等人的改革，以及天师教派的兴起。此外，《隋书·经籍志》还记载了一部《孟昶集》的存在，但已经佚失。不过，这些历史事件对于理解当时社会状况以及宗教与政治关系至关重要，它们留下的痕迹依然可以通过文献研究来探究。
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